Die Sowjetunion ging in den letzten Gefechten in Command and Conquer Alarmstufe Rot 2, gegen die Alliierten öfters als Sieger hervor. Dennoch entschieden die Sowjets die Zeitmaschine in Alarmstufe Rot 3 ein weiteres und letztes mal zu benutzen, um so ein weiteres Kapitel zu öffnen. Das Ziel dieser Reise war es, in der Zeit zurück zu reisen, um Albert Einstein zu entführen, und somit die Pläne der Alliierten zu verhindern. In Alarmstufe Rot 3, steht die Sowjetunion kurz vor einer endgültigen Niederlage, Moskau steht in dieser Zeit unter schwerem Beschuss der Alliierten, worauf hin man sich entscheidet, die Zeitmaschine einzusetzen.. Beim Handschlag zwischen Albert Einstein und Premier Cherdenko verbufte Einstein kurz darauf. So wurden die Pläne der Alliierten vernichtet, Technologien nie erforscht und die Alliierten waren schwächer als je zuvor. Die Sowjetunion war nun stärker als jede andere Fraktion, nahm man zu erst an. Doch es meldete sich eine neue Fraktion in dieser Geschichte.
Das Reich der Aufgehenden Sonne (Japan) war geboren. Eine unbarmherzige Streitmacht, mit einer Technologie und Waffen, die man zuvor noch nie gesehen hat. Angeführt von Kaiser Yoshiro beginnt ein neuer Kampf um die Weltherrschaft. Doch dieses mal, wird es schwerer und erbarmungsloser den je. Die Shogune des Reichs der Aufgehenden Sonne, zeigen keine Gnade bei ihren Feinden. Die Sowjetunion muss nun genau überlegen, welchen Feind sie zu erst vernichtet: Alliierten oder das Reich der Aufgehenden Sonne. Die Armeen der drei Kriegsparteien setzen Teslaspulen, schwer bewaffnete Luftschiffe, Teleportationsgeräte, Kriegsbären, Delfine, schwimmende Inselfestungen, Transformationspanzer und andere wahnwitzige Waffen und Technologien ein.
In der Kampagne habt ihr die Wahl, zwischen Alliierten, Sowjets und dem Reich der aufgehenden Sonne zu entscheiden.
