Die Geschichte beginnt damit, dass im Jahre 2047 die Bruderschaft von Nod den dritten Tiberium Krieg mit der Zerstörung der Philadelphia anzettelt. Ziel war es, alle Politiker an Board zu töten, sodass der, auf der Erde verbliebende, Redmond Boyle zum neuen Direktor der GDI wurde.
Die Bruderschaft konnte in den ersten Kriegstagen in den blauen Zonen viel Schaden anrichten und die GDI erheblich schwächen. In der Zwischenzeit baute Nod eine neuartige Flüssigtiberium-Bombe, wovon die GDI, trotz des Nod-Überfalles, Wind bekommen hat. Die Teile für die Bombe wurden aus der ganzen Welt nach Sarajevo geliefert. Kane provozierte damit einen GDI Angriff auf den Prime Tempel. Um einen schnellen Sieg zu erringen, genehmigte der pragmatisch denkende Direktor den Einsatz der Ionen-Kanone. Das hatte jedoch verehrende Folgen für den ganzen Planeten. Kane wusste aus dem Tacitus, dass die Flüssigtiberium-Explosion eine Alienrasse anlocken würde. Die sogenannten Scrin. Überall auf dem Planeten landeten ihre Drohnenplattformen. Sie errichteten Basen und griffen die Ballungsräume an. Sowohl von Nod und der GDI kontrollierte Gebiete.
Es machte keinen Unterschied. Die Scrin waren gekommen um das von ihnen gesäte Tiberium zu ernten. Ihre Rasse und ihre Technologie leben von dem grünen Kristall. Sie begannen verteilt auf dem Planeten riesige Türme zu bauen, die vermutlich als Transporter für das Tiberium dienen sollten. Die Scrin bemerkten jedoch schnell, dass die Explosion künstlich herbeigeführt worden ist und der Planet noch nicht bereit für die Ernte war. Da ihre Truppen für eine großangelegte Invasion nicht ausgelegt waren, konnte die GDI schnell einige Siege erringen und die Türme reihenweise vor der Fertigstellung ausschalten. Die Scrin wurden immer weiter zurück gedrängt. Nur ein Turm wurde fertig und war somit unzerstörbar. Die GDI konnte ihn nicht zum ihm durchdringen, da er von Nod-Truppen verteidigt worden war. Er schien, nachdem der Scrin-Kontroll-Knoten zerstört worden war, jedoch inaktiv zu sein und stellte keine Bedrohung mehr da.
Die Scrin waren vom Planeten getilgt und Nod besiegt. Es kehrte der Frieden zurück, doch dieser währte nicht lange …
