Dr. Ignatio Möbius, ein bekannter Tiberium-Forscher, wurde bei einer Forschungsreise zum Tiber, dem Ort, wo der Tiberiumasteroid eingeschlagen ist und das Tiberium zu ersten Mal gesichtet wurde, von Nod-Elite-Truppen entführt und auf eine abgelegenen Insel im schwarzen Meer verschleppt.
Diese Insel wurde von der Bruderschaft von Nod zu einer Bastion des Terrors verwandelt, die von der „Schwarzen Hand“, die Elite-Truppen von Nod, kontrolliert wird. Satellitenbilder zeigen, dass diese Insel mit schweren Verteidigungsanlagen von der Bruderschaft ausgestattet wurde. So werden sämtliche Küstenabschnitte von der Insel mit automatischen Geschütztürme vor feindliche Landungsversuche geschützt, zusätzlich dazu patroullieren Nod-Truppen Tag und nach auf der Insel. Die GDI vermutet außerdem, dass auf der Insel verteilt Flugabwehrstellungen sich befinden, aufgrund der dichten Wälder lässt sich dies aber nicht genau sagen.
Die Verteidigungsorganisation der Vereinten Nationen, die militärische Gruppierung der GDI (Globale Defensiv Initiative) ist auf den Schutz der Weltordnung und der Wahrung des internationalen Friedens eingeschworen und beauftragt worden, eine geheime Marineoperation mit dem Namen „Black Dawn“ durchzuführen. Wie aus Geheimdienstkreisen der GDI zu erfahren war befand sich Dr. Möbius und einige weitere Gefangene noch vor Kurzem auf einem Schiff in Richtung Albanien bevor sie mit einer C-130 Maschine der Bruderschaft zur Festung von Nod auf der Insel im schwarzen Meer transportiert wurden.
Ziel der Operation „Black Dawn“ ist die Vernichtung der Nod Festung im schwarzen Meer und die unversehrte Rettung der Wissenschaftler. Zwei GDI Bataillone wurde entsandt, um von der östlichen- und südlichen Küste der Insel aus, die Mission zu erfüllen. Während das östliche Bataillon die Ablenkung der Nod Truppen verantworten soll, kümmert sich die Kommandoeinheit unter der Führung von Nick „Havoc“ Parker am südlichen Strand um die Infiltrierung der Basis zur Rettung der Wissenschaftler mit Unterstützung von Boden- und Lufteinheiten.
