Alarmstufe Rot 2 und die Alliierten:
Durch den Tod von Stalin und seinen Generälen, wird die Spitze Russland durch amerikanische Lakaien ersetzt. So wurde Alexander Romanow neuer Premierminister. Als alle dachten, es wäre vorbei, beginnt Russland auf einmal eine Großoffensive gegen Amerika und den Rest der Alliierten. In einem kurzen Not-Gespräch wird für den Spieler daraufhin klar, dass die Russen es ernst meinen. Dieses Mal greifen sie mit Psychowaffen an!
Man sieht daraufhin eine Szene wie der Atomwaffengegenschlag befohlen wird. Jedoch wird unerwartet in der Startzentrale angerufen und der Waffenoffizier hypnotisiert. Die Raketen gehen in den Silos in die Luft, ohne einen russen getötet zu haben. Es stellt sich heraus, dass der persönliche Berater Romanows namens Yuri hinter diesen grausamen Angriffen steckt.
Amerika wird hoffnungslos von russischen Soldaten und deren neuen Zeppelin-Bombern überrollt und zerbombt. Ein weniger schöner Anblick für den einzig überlebenden Commander der Alliierten, war wohl die Zerstörung der Freiheitsstatue.
Die ersten Missionen bestehen darin die Psychowaffen außer Gefecht zu setzen und die Küstenstriche wieder zurück zu erobern sowie den Präsidenten zu befreien. Nach einem kräftigen Lob des Präsidenten ziehen sie nun fort und wollen Chicago von einer weiteren Psychowaffe befreien. Jedoch wir die Stadt inklusive allem drum und dran durch eine Aromrakete dem Erdboden gleich gemacht.
Erst nachdem die europäischen Streitkräfte anrückten ist es den Alliierten möglich geworden die Russen zurückzudrängen. Nebenbei muss man in einer Mission Pearl Habor verteidigen und die Marine der Russen zurückdrängen. Anschließend gilt es die letzte Psychowaffe zu eliminieren. Zum Schluss trumpft die Chronosphäre Einsteins wieder auf und macht es wieder einmal möglich den Russen eins auszuwischen und Moskau samt Kremel einzunehmen.
Yuris Rache und die Alliierten:
In Yuris Rache wird das erste Mal die gesamte Geschichte komplett umgekrempelt! Yuri, der ehemalige Chefberater des Premiers hat sich nämlich selbstständig gemacht und beginnt wieder seine weiterentwickelten Psychowaffen zu bauen. Den Psycho-Dominator! Mit letzter Kraft gelingt es den Psycho-Dominator auf der Gefängnisinsel Alkatraz auszuschalten, um so zu verhindern, dass Amerika von Yuri kontrolliert wird. Der Rest der Welt wurde jedoch von den anderen Psycho-Dominatoren bereits unter Yuris Kontrolle gebracht. Nun taucht Einstein, das Wunderkind der Alliierten, mit seiner neuen Technologischen Errungenschaft auf! Er hat seine Zeitmaschine weiterentwickelt,s odass ganze Truppenverbände mitreisen können. So reißt der Commander in der Zeit zurückreisen und den Bau dieser Geräte verhindern. Hollywood wird so in der Vergangenheit von allen Truppen Yuris befreit und die Studios wieder zurückerobert, mit denen er die Bürger unter Kontrolle bringen wollte. Aber man darf nicht vergessen: durch die Zeitreise herrscht Krieg zwischen Russland und den Alliierten! So ist man in den letzten Kriegsmonaten auch noch damit beschäftigt die Russen auf Abstand zu halten. Inzwischen hat der Commander die Bedrohung durch Yuris Raketen-U-Boote eingedämmt und ist auf dem Weg zum letzten Psychodominator. Als jedoch der Yuri dabei war die Friedensverhandlungen zum Scheitern zu bringen und versuchte die Regierungschefs beider Seiten unter seine Kontrolle zu bringen, ist der Commander wieder zur Stelle und rettet alle! Nachdem die letzte Psychowaffe zerstört wurde, wird Yuri festgenommen und in eine spezielle Zelle namens Psychische Isolationszelle gesteckt. Von dort aus kann er nun niemanden mehr manipulieren.
Alarmstufe Rot 3 und die Alliierten:
Wer es glaubt oder nicht! Es musste ja so kommen. Die Russen konnten nicht einsehen den Krieg verloren zu haben und greifen nun zu ihrer eigenen Zeitmaschine! Sie reisen zurück in das Jahr 1924 und löschen den Wissenschaftler, wie er zuvor Adolf Hitler ausgelöscht hat, aus. Man sieht wieder, wie er zu Staub zerfällt.
Als die Russen wieder zurückreisten hatten sie sich in Sicherheit gewogen, denn ganz Europa war unter ihrer Kontrolle. Unerwartet kam dann jedoch die Meldung, dass Japan (Reich der aufgehenden Sonne) einen Angriff auf die Russen gestartet hat und die gesamte Küste unsicher macht. Das selbe Problem haben auch die Alliierten. Sie sind durch den nicht vorhandenen Einstein haushoch unterlegen. Als erste Mission gilt es England zurück zu erobern. Danach geht es mit einer hinreißend hübschen Offizieren auf das europäische Festland um Russland in die Schranken zuweisen. Dann kommt jedoch der Angriff der Japaner und man wird dazu gezwungen ein Bündnis zwischen den beiden verfeindeten Seiten zu dulden, um die Eindringlinge zu zerstören. Der Präsident Ackerman war jedoch anderer Meinung und wollte Moskau mit einer riesigen Partikelkanone zerstören. Nachdem der Commander die schwimmende Festung ausgelöscht hat ist es nun seine Aufgabe den Präsidenten und dessen Superwaffe auszuschalten. Japan wird besiegt. Jedoch ohne die Hilfe Russlands. Ein russischer Wissenschaftler läuft zu de Alliierten über und erzählt, was es mit den Japanern und der Zeitmaschine auf sich hat. Es kommt heraus, dass Russland von Kuba aus mithilfe von Atombomben bestückten Kirovs Amerika zerstören will. Wieder einmal rettet der Commander die Welt und kehr anschlißend in Leningrad ein,. Um den größenwahnsinnig gewordenen Premier in seinem Raumschiff zu vernichten. Nachdem das geschafft wurde, ist die Ordnung wieder hergestellt und es herrscht wieder Friede, Freude, Eierkuchen! Die Frage ist nur: Wie lange?
