Operation Feuersturm und Nod:
Traditionell wird auch hier das Ende der GDI benutzt, um die Serie fortzusetzen. Feuersturm ist die Erweiterung von Tiberium Sun. Kane ist wieder einmal tot. Daher wird die Bruderschaft von einem inneren Zirkel geleitet, der aus hochrangigen Nod-Generälen besteht. Nach einem Kampfeinsatz gegen die GDI konnte daraufhin die Super-KI von Nod CABAL wieder zurückerobert werden. Doch nach einiger Zeit bemerkt man, dass CABAL sein Eigenleben entwickelt haben muss. Dieser schaltet den inneren Zirkel mit seinen Cyborgs aus und übernimmt die Führung. Allein Slavik kann entkommen und verbündet sich mit der GDI, da er nicht allein gegen CABAL antreten kann. Dieser hatte bereits seine Macht ausgefaltet und eine große Cyborgarmee aufgestellt. Zusammen gelingt es ihnen, den Kern von CABAL auszuschalten. In der Endsequenz sieht man einen Raum voller großer Gläser, in denen Kane und viele Generäle zu sehen sind, die anscheinend von CABAL am Leben gehalten wurden. Eine kurze Zeit sieht man Kanes und CABALS Gesicht ineinander verschmelzen (auf dem Display über Kanes Glas).
Tiberium Wars und Nod:
Alles fängt damit an, dass Kane auf einmal wieder unter den Lebenden ist. Man erhält den Befehl das A-SAT-Raketenabwehrsystem auszuschalten. Kurz nach der Eroberung der Zentrale, wird die Philadelphia Raumstation durch eine Rakete zerstört. Damit beginnt der dritte Krieg. Man erobert in kürzerster Zeit als Spieler Washington und Umgebung. Doch die Vorhersagen von General Killian Quatar treffen ein und die GDI formiert sich schneller als erwartet neu und schlagen vernichtend zurück. Aus Brasilien muss der Spieler dann Tiberiumsprengköpfe zum Primetempel nach Sarajevo eskortieren. Doch die GDI scheint informiert zu sein. Der Primetempel wird belagert! So muss man die Belagerung durchbrechen und die Verteidigung des Tempels übernehmen. Nachdem die GDI vernichtend geschlagen wurde, kommen auf einmal Nodeinheiten, die Kane verraten und versuchen nun den Tempel einzunehmen. Nachdem der Spieler diesen Angriff abwehrt zerstört die GDI den Tempel mit der Ionenkanone. Die Athomosphäre glüht und Millionen Menschen haben ihr Leben verloren. Zur gleichen Zeit kommen die Scrin ins Spiel, die in Tiberian Sun mit der Raumschiffmission bereits angedeutet wurden. Da die Flüssigtiberiumexplosion die Scanner der Scrin gestört haben, beginnen sie ihre frühzeitige Invasion zum Ernten des grünen Minerals. Kane stirbt vermutlich bei der Explosion des Tempels.
Daraufhin übernimmt Killian die Führung über die Bruderschaft. Man stiehlt der GDI erst einmal Atomsprengköpfe. Während der Mission kommen die Scrin auf die Erde und erwischen sowohl die GDI als auch Nod unerwartet. Die Scrin werden durch die GDI und dem Spieler nach und nach zurückgedrängt. Kurz darauf verbündet sich die GDI mit Nod. Plötzlich taucht Kane wieder auf und befiehlt die GDI durch Atomwaffen zu zerstören. Außerdem lässt er die des Verrats beschuldigte Killian Quartar erschießen. Der Verbindungsoffizier Ajay erklärt nun dem Spieler, was Kane mit den Scrin bezweckt. Da er selber solche eine Explosion nicht entfalten konnte, brauchte er die Ionenkaninenexplosion. Nun waren die GDI und die Scrin geschwächt und Kane kann seine Machenschaften zu ende führen. Die GDI zerstört alle Scrintürme außer einen, den der Spieler vor der GDI beschützen muss. Dies ist außerdem die letzte Mission. Die GDI zerstört während dessen den Kontrollknoten der Scrin und deaktiviert somit alle Invasionseinheiten. Zum Schluss sieht man Kane, wie er den Spieler zu einer Tür geleitet, auß der man nichts anderes sieht als weißes strahlendes Licht. Nach Kanes Aussage soll man dort seinen inneren Zirkel sehen können.
