Tiberian Sun und die GDI:
Mehrere Jahrzehnte nach dem ersten Krieg kommt es erneut zu Kampfhandlungen zwischen Nod und GDI, die bisher die Waffenruhe gehalten hatten. Als den im Jahre 2030 amtierenden Anführer General Solomon, Kane auf dem Bildschirm begegnet, der offiziell von einem zweiten Krieg sprach, hielt er dies zu erst für Unsinn. Dies stellte sich bald als Fehler heraus. Der Spiele verkörpert in diesem Teil der C&C Saga Commander McNeIL, der mit größten Bemühungen die Bruderschaft nach und nach zurückdrängt und die düsteren Pläne Kanes zu durchkreuzen. Dieser will die Raumstation Philadelphia zerstören und das Tiberium durch eine Rakete auf dem ganzen Erdball verstreuen. Dank der Unter-stützung durch die abtrünnigen Mutanten kann er den Plänen aber auf die Schliche kommen und diese zunichte machen. Zum Schluss wird Kane durch McNeil abermahls getötet. Dieses Mal wird er zu erst erschossen (klar zu hören an den Geräuschen) und danach mit einem spitzen Gegenstand in die Herzgegend erstochen. Der Countdown kann gestoppt werden und die Bruderschaft wird abermals besiegt.
Operation Feuersturm und die GDI:
In der Erweiterung „Feuersturm“ wird die Story um ein weiteres Kapitel fortgeführt. Auf der einen Seite muss die GDI feststellen, dass der Antimutationsimpfstoff die Mutanten dahinraffte und kleine Splittergruppen von Nod es geschafft haben, während dessen sie mit den Mutanten beschäftigt waren, den Tacitus zu entwenden. Nach und nach wird klar, wer der neue Nodanführer war, der diese Operation durchzog. Die einstige Super-Computerintelligenz CABAL hatte nach dem Tod von Kane die Macht an sich gerissen und versucht nun ihre eigenen Pläne durchzusetzen. Das Ziel: Alle Menschen zu Cyborgs machen, um sie seinem Willen zu unterwerfen. Deswegen brauchte er auch den Tacitus, denn CABAL ist einer der wenigen Personen, die ihn entschlüsseln können. Für kurze Zeit verbündet sich Nod unter Slavik mit der GDI, um die abtrünnige KI und seine Streitmacht auszuschalten. Der Kern von CABAL wird zerstört und die GDI bringt das außerirdische Artefakt wieder in ihren Besitz. Das Spiel endet damit, dass es der GDI anscheinend geling den Tacitus zu entschlüsseln.
Tiberium Wars und die GDI:
Der dritte Teil der C&C Saga beginnt mit der Zerstörung des A-SAT Systems der GDI. Die gesamte Führung außer dem Finanzminister Boyle tagt auf der Philadelphia. Als aber das A-SAT Kontrollzent-rum von Nodtruppen gestürmt wird, fällt die gesamte Raketenverteidigung aus, worauf hin die Phila-delphia samt dem GDI-Rat durch einen Gefechtskopf in die Luft gejagt wird. Zur selben Zeit nutzten die Nodverbände die Gunst der Stunde und überrannten die orientierungslosen GDI-Zonen. Dies ver-lief reibungslos, sodass sie bis Washington vorpreschen konnten. Dort endet aber die Invasion in einem blutigen Kampf zwischen GDI und Nod am weißen Haus. Dies verhindert der Spieler indem er jegliche Nodverbände auslöscht. Bis dahin ist General Granger der stellvertretende Anführer gewesen. Dies ändert sich, als Boyle seinen Platz einnimmt. Man merkt beim Zusammentreffen er beiden sofort, dass Spannungen zwischen den Beiden herrschen. Im späteren Spielverlauf wird man nach Kairo geschickt um dort den Abschuss von Atomraketen zu verhindern. Des Weiteren muss man ein Tiberiumforschungszentrum für terminieren. Dabei stellt sich raus, dass Nod an Tiberiumraketen baut und eine Flüssigtiberiumrakete in Sarajevo fast in der Endfertigung ist. Dort kommt es dann in der darauf folgenden Mission zu der Belagerung des Primetempels. Doch da die Tempelanlage unein-nehmbar zu sein scheint, befiehlt Direktor Boyle den Einsatz der Ionenkanone. Doch die Folgen dieser Entscheidung sind fatal. Nachdem die Zerstörung der Ionenkanone sich ausfaltet, fängt das Flüssigtiberium, das im Tempel gelagert ist, zu explodieren an. Die Athomosphäre glüht und Millionen Menschen haben ihr Leben verloren. Zur gleichen Zeit kommen die Scrin ins Spiel, die in Tiberian Sun mit der Raumschiffmission bereits angedeutet wurden. Da die Flüssigtiberiumexplosion die Scanner der Scrin gestört haben, beginnen sie ihre frühzeitige Invasion zum Ernten des grünen Minerals. Aller-dings hatten sie nicht mit Gegenwehr und überlebenden gerechnet. So verbündet sich die Bruder-schaft,die Kane wieder für tot erklärt hat (Er war zur Zeit der Explosion im Primetempel) mit der GDI und drängen die Scrin zurück. Nach und nach wurden alle im Bau befindlichen Türme zerstört (man immt an sie sind Portale oder etwas in der Art). Dann begann die Bruderschaft aber wieder einmal, Verrat an der GDI zu begehen, und verhinderte die Zerstörung des letzten Turms bis zu seiner Fertig-stellung. Daraufhin wurde dieser unzerstörbar. Die letzte Mission besteht darin den Kontrollknoten der Scrin zu vernichten und somit sämtliche Einheiten auf der ganzen Welt auszuschalten. Hierbei darf man zwischen dem konventionellen Zerstören (Nach General Grangers Rat) oder des einfachen Ver-nichtens durch eine Flüssigtiberiumbombe auf Direktor Boyles Befehl wählen. Die Scrin und Nod wer-den anscheinend von der GDI besiegt, was die Endsequenzen der anderen beiden Kampagnen aber in Frage stellen.
