C&C Generals spielt 20 Jahre nach unserer Zeit, und beinhaltet eine eskalierende Situation zwischen China, den Vereinigten Staaten und eine stetig wachsende neue Bedrohung, der internationalen Terrorismusgruppe GBA. Die GBA hat ihren Sitz in Zentralasien.
Der Krieg beginnt, als am chinesischen Nationalfeiertag während einer Militärparade die GBA zuschlägt. China, die bis dahin bereits immer öfter mit der GBA konfrontiert wurden, haben sich zum Ziel gesetzt dieses Terroristenpack vom Erdball zu entfernen.
Das Ziel der GBA ist es, durch gezielte terroristische Anschläge und ihre fürchterliche Kriegsmaschinerie die bestehende Weltordnung zu stürzen und die Menschen von ihrem Joch der Regierungs-Unterdrückung zu befreien. Koste es was es wolle. Dabei hat die GBA zwei große Gegenspieler.
Die Rolle der USA in diesem Konflikt gestaltet sich so, als das sie versuchen die bedrohung der stetig wachsenden GBA von sich fern zu halten indem sie die GBA in Auslandseinsätzen in Städten fremder Ländern ausrotten. China hält von dieser Amerikanischen Mission gar nichts. China greift diesbezüglich härter gegen den Feind durch.